途切れます。これを回避する方法はありません。
音色を変化させても音が途切れないようにするためには、Pedal Assignを設定して、CTLペダルやEXPペダルを踏むことで、複数のエフェクタのON/OFFを一気に切り替えたり、種類を切り替えたりできるようにします。(GT-6B取扱説明書48ページ)
Pedal Assignの設定次第では、パッチを変更せずとも、ある程度の音色変更ができます。
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