できます。

ループ・ロケーション設定にて、ループをエフェクトの前に配置することで、ループさせた音にエフェクトをかけることができます。

 

ループの配置場所を変更するには、[EFFECT EDIT] → [MTS（MASTER）] → [LOOP LCT（LOOP LOCATION）」で設定が可能です。