AUTO STARTをオンにしていませんか?
AUTO STARTがオンの時は、演奏が始まると同時に録音が始まります。従って、空白部分を無視して、演奏が始まった部分から録音され、ガイド音がずれてしまいます。こういった場合は、AUTO STARTをオフの状態にして録音を行なってください。
AUTO STARTでないモードだとガイド音が4拍鳴ってから録音が始まります。頭に1拍空白があるのであれば、カウント4拍の後1拍おいて、6拍目から録音を始めてください。