可能です。

GT-PRO は MAIN OUT / SUB OUT の 2系統の出力を持っており、
各パッチごとに MAIN, SUB, MAIN + SUB いずれかの出力先を指定できます。

したがって、MAIN OUT、SUB OUT にそれぞれアンプを接続し、パッチごとに出力先を指定することで、
パッチを切り替えるだけでアンプを使い分けることができます。