途切れます。これを回避する方法はありません。

音色を変化させても音が途切れないようにするには、Pedal Assignを設定して、CTLペダルやEXPペダルを踏むことで、特定のエフェクタのON/OFFを切り替えたり、種類を切り替えたりできるようにします。(GT-6取扱説明書47ページ)

Pedal Assignの設定次第では、パッチを変更せずとも、ある程度の音色変更ができます。