Fantom-S のサンプリング方式は、16ビット・リニア、サンプリング周波数は44.1kHz固定、ファイル形式は WAV または AIFF です。サンプリングしたオーディオ・データは内蔵ウェーブやウェーブ・エクスパンション・ボード(SRXシリーズ)と同様に、ウェーブ・データとして音づくりに使用できます。マルチサンプルにも対応し、サンプラー・キーボードとしても活躍します。
また、 WAV または AIFF 形式の一般のオーディオ・ファイルも、インポートして取り扱うことができます。サンプル・フレーズを分割できるチョップやノーマライズなどの機能の充実は、サンプラー専用機に匹敵します。