正常な動作であり、支障はありません。
S-MPUからは「アクティブ・センシング」という、MIDIケーブルの抜けや断線をチェックするMIDIメッセージが、電源投入後に一定の間隔でMIDI OUTから送信されています。この情報を認識できる音源が、電源投入後一度この情報を受信すると、ある時間以上この情報が送られてこない場合、ケーブルの脱落ないしは断線と判断し、すべての発音を停止します。
Windows起動中は、一旦S-MPUがリセットされてこのアクティブ・センシングが出なくなるために、SC-88のディスプレイに「MIDI Off Line」という表示が出るのです。