パターンに使うトーンを編集したあとに、トーンの保存操作をしていない可能性があります。

パターンに使うトーンを編集したときは、パターンとは別にトーンを保存するか、パターンとトーンの両方を保存してください。
※ シーケンサーは、トーン・ナンバーと位置のみを記憶します。

トーンの保存方法について、詳しくは「SH-4d リファレンス・マニュアル」の「トーン／パターンを保存する（WRITE MENU）」をご覧ください。