OUTPUT 端子から SUB OUT の音も出力されているため音質が変わっている可能性が考えられます。

SEND1/2 SETTING を SUB OUT に設定した場合、RETURN 端子は AUX IN 端子として働くため、GT-1000CORE 本体の RETURN 端子にプラグを接続しないと SUB OUT に送った信号が OUTPUT 端子からも出力されます。

もし、RETURN 端子を使用せずに SEND 端子を SUB OUT として使用されたい場合は、SEND1/2 SETTING で「SUB OUT,AUX MUTE」を選択してください。