パソコンに負荷がかかっていることが原因である可能性が考えられます。
Voice Limitを「Heavy」に設定して、一度に鳴らす音数を抑えると、負荷が軽減されます。
※ 関連Q&A「和音で鳴らしたとき、発音しない音があります。」を併せてご覧ください。