できます。手順を以下に説明します。

1. VSCパネルのSETUPボタンをクリックし、受信イベントのタブをクリックします。
2. VSCで変更したいイベントと、変更したいパートのチェックを外します。（音色を変えたい場合はバンク/プログラムのチェックを外してください。）
3. SMFデータを開き、CONTROLLERパネルから音色やエフェクトを変更します。
4. PLAYERパネルのAUDIOCONVボタンをクリックして、演奏時と同じ設定で変換する、の方にチェックを入れて保存します。