MC-50MK2は他のシーケンサーやリズムマシンで作成したDATAとMC-50MK2で作成したSONG DATAとを同期して、演奏／録音することができます。更に、TAPE SYNCの入出力端子を装備していますので、マルチトラックレコーダー（MTR）とも同期させることができます。

同期演奏／録音する場合、スタート・ストップ等をコントロールするマスター側のMIDI機器のMIDI OUTから、コントロールされるスレーブ側のMIDI機器のMIDI INに接続します。
MC-50MK2をマスターとして使用する場合には、トランスミットコンディション（MIDI 4）にてMIDIクロックを送信させるよう設定して下さい。また、スレーブとして使用する場合は、シンククロック（FUNC 1）にて同期に使用するクロック（MIDI/TAPE）を設定して下さい。

※受信するクロックを「REMOTE」に設定した場合、テンポは同期せずMC-50MK2での設定に従います。

マルチトラックレコーダー（以後MTR）と同期させる場合、MC-50MK2はスレーブとして使用します。あらかじめMTRの空きトラックに、MC-50MK2のTAPE SYNC2 OUT ジャックから出力されるSONG DATAのテープシンク信号を録音します。受信するクロックを「TAPE」に設定し、MC-50MK2のTAPE SYNC2 IN JACKにMTRから録音したテープシンク信号を入力すると、同期演奏がスタートします。
MC-50MK2のTAPE SYNC2のテープシンク信号には、位置を示す信号が含まれています。そのため、MTRを途中から再生してもMC-50MK2は位置を判別し、自動的に移動して同期演奏を行います。

※シンククロック（FUNC 1）にて「MIDI」及び「TAPE」に設定されている場合、MC-50MK2でのスタート・ストップはできません。

MC-50MK2の同期によってコントロールできる内容は、テンポ・スタート・コンティニュー・ストップ・ソングポジションポインター・ソングセレクトの6項目ですが、接続されるMIDI機器の仕様により対応していない項目は反映されません。