反映されません。

JUNO-D のトランスポーズは、鍵盤演奏に対してのみ有効です。

外部シーケンサーの MIDIデータで JUNO-D を鳴らす時には、MIDIデータ自体を移調（トランスポーズ） して、ご希望の調になるようにしてください。