コンプレッサーやリミッターには、音量を均一化することにより音の粒立ちを揃えたり、歪みを抑えたりする働きがあるため、これらを含むパッチと含まないパッチでは、音量に差が出てしまいます。
他のパッチとの出力レベルを合わせる場合には、パッチを作成する時に、エフェクトのオン/オフを切り替えながら、エフェクト・オンの時とオフの時とで同じくらいの音量になるように各エフェクトのレベルを調整して、WRITE操作を行ってください。
このとき、ベースアンプを接続するなど、実際に使う場合と同じセッティングで音量を調整すると、より正確に調整できます。