OVERDRIVE/DISTORTION のタイプを External に切り替えると、本体内の OVERDRIVE/DISTORTION のエフェクトは使われなくなり、代わりに、外部に接続したエフェクトが使われます。
しかし、PREAMP / SPEAKER SIMULATOR が ON になっており、こちらの方で音が歪むような設定になっていると、OVERDRIVE/DISTORTION の歪みがまったくない状態でも、PREAMP / SPEAKER SIMULATORが音を歪ませてしまいます。
GT-3内部の歪みエフェクトをまったく使わないためには、PREAMP / SPEAKER SIMULATOR も OFF にするか、PREAMP / SPEAKER SIMULATORを、歪まないような設定にして下さい。