これはコンソール・ウィンドウでスナップ・ショットを実行した際に記録される、オーディオ・トラック関連のオートメーションデータがSMFに保存されるために起こる症状です。
スナップ・ショットを実行すると、「コンソールオートメーションデータ」という名前のトラックが追加されて、そのトラックにオーディオ・トラック関連のオートメーションデータが記録されます。SMF保存される前に、このトラックを削除すれば、問題を回避することができます。
また、SMF format1で保存することでも回避することができます。これは、SMF format1では、各トラックが別々に保存され、オートメーションデータと、通常のMIDIトラックのデータが混在することがないためです。