これはコンソール・ウィンドウでスナップ・ショットを実行した際に記録される、オーディオ・トラック関連のオートメーションデータが、SMFに保存されるために起こる症状です。
スナップ・ショットを実行すると、「コンソール・オートメーションデータ」という名前のトラックが追加されて、そのトラックにオーディオ関連のオートメーションデータが記録されます。SMF保存される前に、このトラックを削除すれば、問題を回避することができます。また、SMF format1で保存することでも回避することができます。これは、SMF format1では、各トラックが別々に保存され、オートメーションデータと、通常のMIDIトラックのデータが、混在することがないためです。